Якщо Єдиний Вижив стає на бік Братства Сталі або Інституту, його зрештою відправляють знищити Залізницю, оскільки мотиви організації суперечать цілям обох колишніх партій в регіоні. Приєднання до Залізниці не впливає на стосунки з Minutemen.
Джерело конфлікту між цими двома фракціями лежить у Синтах, роботах, створених і розроблених Інститутом, які можуть видавати себе за справжніх людей.
Чи можете ви стати на сторону Залізниці після того, як стали на сторону Братства? Так, ви можете стати на бік Братства і не вбивати Залізницю. Просто працюйте до кінця, поки вони не попросять вас знищити Залізницю, знаєте, не погоджуючись на це, а потім почніть Mass Fusion з Інститутом.
Інститут представляє все, що ненавидить Братство Сталі. Це група надто старанних вчених, які створили неконтрольовану технологію, яка зараз загрожує людству. В їхніх очах вони гірші за нації, які спричинили Велику війну.
Brotherhood of Steel Curie і Danse люблять приєднуватися до Братства. Кейт, Пайпер, Нік, Престон і Стронг не подобається це.