Пари основ G-C мають 3 водневі зв’язки, тоді як пари основ A-T мають два. Таким чином, дволанцюгова ДНК з більшою кількістю пар основ G-C буде сильніше зв’язана разом, більш стабільна і матиме вищу температуру плавлення.
Відповідь: пара основ G-C більш стабільна з точки зору водневих зв’язків, ніж пара основ A-T. Це пояснюється тим, що пара основ G-C має 3 водневі зв’язки, що забезпечує сильнішу взаємодію між основами, тоді як пара основ A-T має лише 2 водневі зв’язки.
Пояснення: з’єднання основ гуаніну та цитозину утворює 3 водневі зв’язки. І аденін, і тимін утворюють лише 2 водневі зв’язки. Таким чином, пара основ G-C має найсильніші взаємодії та потребує найбільшої кількості енергії для розриву.
Пари основ GC мають сильнішу взаємодію пі-стекування, ніж пари основ AT, оскільки Сполучення основ GC спричинене утворенням трьох водневих зв’язків між гуаніном і цитозином, тоді як спарювання основ AT відбувається завдяки двоводневим зв’язкам між аденозином і тимідином.
ДНК з високим вмістом GC важче денатурувати, оскільки Пари гуанін-цитозин утворюють три водневі зв'язки, у порівнянні з двома для пар аденін-тимін, для їх розриву потрібно більше енергії.
AT пари основ мають унікальний малюнок донорів і акцепторів водневих зв’язків на краю великої канавки, який читається як акцептор, донор, акцептор, метильна група. Пара основ GC має різну послідовність донорів і акцепторів водневих зв’язків, саме так білки відрізняють одну пару основ від іншої.