Теократичний уряд був заснований ченцем-емігрантом Друкпа, Нгаванг Намг'ял, який прибув до Бутану в 1616 році, шукаючи свободи від панування підсекти Гелугпа, очолюваної Далай-ламою (Ламою Океану) у Лхасі.
Нгаванг Намг'ял (1594–1651), відомий у розмовній мові як Бородатий лама, був тибетським буддистом школи Друкпа Каг’ю Рінпоче та об’єднавцем Бутану як національної держави.
Країна ніколи не була колонізована Британією але її війська зазнали поразки в Північній Бенгалії, і Бутан був змушений підписати договір, який давав Великобританії контроль над своїми зовнішніми відносинами. Індія успадкувала цю владу, коли стала незалежною в 1947 році, і залишається потужним впливом на країну.
Побоювання, що існуючі договори можуть призвести до припущення, що вони схожі на інші держави, Сіккім і Бутан підтвердили свою відмінність від «Індійської Індії» — Індії княжих держав — завдяки своїй буддійській вірі та вірності інституту Далай-лами.
Відносини з Тибетом були напруженими, коли Китай захопив Тибет у 1950-х роках. На відміну від Тибету, Бутан не перебував під сюзеренітетом Китаю, але підпав під сюзеренітет Британії під час британського правління після Пунакського договору в 1910 році. Кордон Бутану з Тибетом ніколи не був офіційно демаркований.