Гібридизація нуклеїнових кислот є надзвичайно чутливим методом для виявлення специфічних нуклеотидних послідовностей: навіть одна невідповідність між зондом ДНК і його цільовою нуклеотидною послідовністю змінить стабільність отриманих дволанцюгових молекул.
Гібридизація нуклеїнових кислот передбачає зв'язування разом коротких комплементарних ланцюгів нуклеїнової кислоти (зондів) з цільовою послідовністю. Зонд, як правило, мічений радіоізотопом або флуоресцентною молекулою, і цільова послідовність зазвичай прив’язана до нейлонової мембрани або іншої твердої поверхні.
ПЛР дозволяє виділити фрагменти ДНК з геномної ДНК шляхом селективної ампліфікації певної ділянки ДНК. Це використання ПЛР збільшує багато способів, наприклад створення гібридизаційних зондів для південної або північної гібридизації і клонування ДНК, яке вимагає більшої кількості ДНК, що представляє певну область ДНК.
Зазвичай використовуються два різних типи методів гібридизації нуклеїнових кислот, які називаються Нозерн-блот і Саузерн-блот (Малюнок 21-11).
Перше застосування після клонування гена часто полягає у визначенні кількості копій гена у виду, з якого ген був клонований. Цей експеримент проводить гібридизація клону гена з повною ДНК, яка була розщеплена кількома ферментами.
Це передбачає схрещування батьківських рослин, що мають бажані властивості. Потомство, отримане в результаті схрещування двох генетично різних батьків, називається гібридом. Природний або штучний процес, який призводить до утворення гібриду, відомий як гібридизація.