З меню Effects все просто: виділяємо один або кілька шарів на панелі Timeline, до яких хочемо застосувати ефект, заходимо в меню Effects, вибираємо групу та ефект.
Під час запуску After Effects шукає в папці «Плагіни» та її вкладених папках всі встановлені ефекти та додає їх у меню «Ефект» та на панель Ефекти та стилі.
Єдиний реальний спосіб зробити фон на відео прозорим – це використовувати зелений фон під час зйомок, а потім видалити його за допомогою інструмента під назвою Хромакей. Ця можливість доступна у багатьох відеоредакторах. Однак, як правило, заміною віддаленого фону служить нове зображення або відео.