Літопис скам'янілостей відкладення гірських порід дають нам незаперечні дані про минулі зміни протягом величезних періодів часу. Ці докази підтверджують той факт, що існувала величезна різноманітність живих істот. Деякі вимерлі види мали ознаки, які були перехідними між основними групами організмів.
Скам'янілості з сусідніх шарів більш схожі, ніж скам'янілості з віддалених у часі шарів. Найбільш обґрунтований науковий висновок, який можна зробити на основі скам’янілостей, такий спуск з модифікацією відбулося, як зазначено в еволюційній теорії.
Докази у формі скам’янілостей, геологічних утворень і генетики свідчать про те, що зміни відбулися, і дають підказки до того, як працює еволюція. Теорія еволюції об’єднує ці підказки в цілісне пояснення різноманітності живих істот.
Відкриття викопних кісток великих вимерлих ссавців в Аргентині та спостереження за численними видами в'юрків на Галапагоських островах були одними з подій, яким приписують стимулювання інтересу Дарвіна до походження видів.
Факти еволюції походять з докази спостережень поточних процесів, від недосконалостей в організмах, що записують історичне спільне походження, і від переходів у летописі скам’янілостей. Теорії еволюції дають попереднє пояснення цим фактам.
Оскільки немає реальних наукових доказів того, що еволюція відбувається зараз або коли-небудь відбувалася в минулому, розумно зробити висновок, що еволюція не є науковим фактом, як багато хто стверджує.