В академічній теорії «канон» означає сукупність робіт у встановленому масиві літератури, яка може бути використана в майбутніх частинах у тій же ширшій традиції. У цьому сенсі «Доктор Хто» об’єктивно має канон, у сенсі пізніших історій, що спираються на концепції та образи попередніх творів.
У 1996 році була спроба відродити Доктора Хто за допомогою телефільму. Це показало регенерацію 7-го Доктора у 8-го. Цей фільм є каноном.
Однак шоураннер Рассел Т. Девіс швидко пояснив, що це було "100-відсотковий канон" – і фінал 14 сезону Доктора Хто, Імперія Смерті, нарешті пояснив, звідки взялася нова версія ТАРДІС, яка називається пам'ятною ТАРДІС або ТАРДІС пам'яті.
Усі аудіопригоди, створені BBC на сьогоднішній день, очевидно, були безперервними. Так само, як і аудіопригоди Big Finish, включно з різними допоміжними серіалами. Є, однак, три винятки.
Тета-сигма (ΘΣ) вказано як ім’я Доктора в TV: The Armageddon Factor. Вважається, що це «прізвисько доктора в коледжі» на телебаченні: «Патруль щастя». Імена ∂³Σx² і ΘΣ містять грецьку літеру сигма (Σ). Справжнє ім'я Доктора було написане як «d³ᓬx²» у Marvel Premiere #57.