Відомі перші копалини прокаріотичних (бактеріальних) клітин 3,5 і 3,4 млрд років тому.
Вважалося, що прокаріоти були першими організмами, які еволюціонували на Землі, а попередні еукаріоти мають викопні рештки близько мільярда років. Прокаріоти з'явилися на землі близько 3,5 мільярдів років тому, перші прокаріоти вважалися гетеротрофними бактеріями. Вони не здатні самостійно синтезувати їжу.
Судячи з скам'янілостей, прокаріоти були першими мешканцями Землі 3,5-3,8 мільярда років тому протягом докембрійського періоду. Ці організми є численними та всюдисущими; тобто вони присутні всюди.
Оскільки атмосфера насичувалась киснем завдяки фотосинтезу, і в міру еволюції успішних аеробних прокаріотів, дані свідчать про те, що предкова клітина поглинула та зберегла життя вільноживучого аеробного прокаріота. Це дало клітині-господарю можливість використовувати кисень для вивільнення енергії, що зберігається в поживних речовинах.
Прокаріоти були найдавнішими формами життя, прості істоти, які харчувалися сполуками вуглецю, які накопичувалися в ранніх океанах Землі. Повільно розвивалися інші організми, які використовували енергію Сонця разом із такими сполуками, як сульфіди, для генерування власної енергії.
Загалом аналіз свідчить про те, що бл 3,1 мільярда років тому, з’явився організм, який вони називають останнім універсальним предком кисню, каже Тауфік. Цей предок, у свою чергу, дав початок аеробам, які змогли скористатися перевагами збільшення вироблення енергії, яке дає кисень.