Спершу філіппінські війська намагалися вступити в бій з американськими військами звичайним способом, але до листопада 1899 року перейшли до партизанської тактики. Президент Філіппін Еміліо Агінальдо був схоплений 23 березня 1901 року, і США офіційно оголосили про закінчення війни 4 липня 1902 року.
Філіппіно-американська війна тривала три роки і призвела до загибель понад 4200 американських і понад 20 000 філіппінських комбатантів. Близько 200 000 мирних жителів Філіппін загинули від насильства, голоду та хвороб. Рішення політичних діячів США анексувати Філіппіни не обійшлося без внутрішніх суперечок.
Організоване повстання фактично закінчилося захоплення Агінальдо 23 березня 1901 року бригадою США. Генерал Фредерік Фанстон. Дізнавшись від полоненого кур’єра про місцезнаходження таємної штаб-квартири Агінальдо, Фанстон особисто очолив сміливу місію в гори північного Лусона.
У 1907 році, після конфлікту, Філіппіни скликали свою першу обрану асамблею, а в 1916 році, як частина Закону Джонса 64-го Конгресу, пообіцяли країні остаточну незалежність. У 1935 році архіпелаг остаточно став автономним.
Повстання змусили американців визнати поразку у війні за незалежність. Повстання змусило Конгрес надати незалежність Філіппінам. Філіппіни відмовилися від самоврядування та погодилися на окупацію США. Сполучені Штати втратили тисячі солдатів у боротьбі з повстанцями.
У 1946 році США звільнили свою найбільшу колонію Філіппіни. У цій статті розглядається прийняття рішень, що стояли за цим, і стверджується, що шлях до свободи не був прямим. Закон 1934 р. про незалежність був мотивований головним чином протекціонізм, расизм і відчуття того, що Філіппіни є військовою відповідальність.